Agama Kristen bermula dari pengajaran Yesus Kristus sebagai tokoh utama agama ini. Yesus lahir di kota Betlehem yang terletak di Palestina sekitar tahun 4-8 SM, pada masa kekuasaan raja Herodes. Yesus lahir dari rahim seorang wanita perawan, Maria, yang dikandung oleh Roh Kudus. Sejak usia tiga puluh tahun, selama tiga tahun Yesus berkhotbah dan berbuat mukjizat pada banyak orang, bersama keduabelas rasulnya. Yesus yang semakin populer dibenci oleh orang-orang Farisi, yang kemudian berkomplot untuk menyalibkan Yesus. Yesus wafat di salib pada usia 33 tahun dan bangkit dari kubur pada hari yang ketiga setelah kematiannya. Setelah kebangkitannya, Yesus masih tinggal di dunia sekitar empat puluh hari lamanya, sebelum kemudian naik ke surga.
Setelah naiknya Yesus Kristus ke surga, rasul-rasul mulai menyebarkan ajaran Yesus ke mana-mana, dan sebagai hasilnya, jemaat pertama Kristen, sejumlah sekitar tiga ribu orang, dibaptis. Namun, pada masa-masa awal berdirinya, agama Kristen cenderung dianggap sebagai ancaman hingga terus-menerus dikejar dan dianiaya oleh pemerintah Romawi saat itu. Banyak bapa Gereja yang menjadi korban kekejaman kekaisaran Romawi dengan menjadi martir, yaitu rela disiksa maupun dihukum mati demi mempertahankan imannya, salah satu contohnya adalah Ignatius dari Antiokia yang dihukum mati dengan dijadikan makanan singa.
Saat itu, kepercayaan yang berkembang di Romawi adalah paganisme, di mana terdapat konsep ‘balas jasa langsung’. Namun dengan gencarnya para rasul menyebarkan ajaran Kristen, perlahan agama ini mulai berkembang jumlahnya, sehingga pemerintah Romawi semakin terancam oleh keberadaan agama Kristen. Romawi pun berusaha menekan, dan bahkan melarang agama Kristen, karena umat Kristen saat itu tidak mau menyembah Kaisar, dan hal ini menyulitkan kekuasaan Romawi. Selain itu, paganisme dan ramalan-ramalan yang sejak zaman Republik sudah dipakai sebagai alat-alat propaganda dan pembenaran segala tingkah laku penguasa atau alasan kegagalan penguasa, sudah tidak efektif lagi dengan keberadaan agama Kristen. Maka, di masa-masa ini, banyak umat Kristen yang dibunuh sebagai usaha pemerintah Romawi untuk menumpas agama Kristen. Penyebar utama agama Kristen pada masa itu adalah Rasul Paulus, yang paling gencar menyebarkan ajaran Kristen ke berbagai pelosok dunia.
Pada masa inilah, datang masa-masa kegelapan (192-284), mulai dari Kaisar Commodus hingga Kaisar Diocletian. Pada masa inilah orang-orang masa itu kehilangan kepercayaan terhadap konsep balas jasa langsung yang dianut di Paganisme, sehingga agama Kristen pun semakin diminati. Hingga akhirnya pada tahun 313, Kaisar Konstantinus melegalkan agama Kristen dan bahkan minta untuk dipermandikan, dan 80 tahun setelahnya, Kaisar Theodosius melarang segala bentuk paganisme dan menetapkan agama Kristen sebagai agama negara.
Sebagai agama resmi negara Kekristenan menyebar dengan sangat cepat. Namun Gereja juga mulai terpecah-pecah dengan munculnya berbagai aliran (bidaah). Salah satu upaya untuk menekan bidaah adalah dengan diadakannya Konsili Nicea yang pertama pada tahun 325 M. Konsili Nicea mencetuskan pengakuan iman umat Kristen keseluruhan pertama kali, sebagai tanda persatuan Kristen universal yang dibedakan dari umat-umat Kristen yang bidaah. Salah satu contohnya adalah bidaah Arianisme, yang merupakan salah satu krisis bidaah terbesar saat itu yang menjadi alasan utama diadakannya Konsili Nicea yang pertama.
Ketika Kerajaan Romawi runtuh dan tercerai-berai, Gereja Kristen tetap bertahan. Pada abad ke-11 terjadilah Perang Salib, di mana kekejaman prajurit perang salib menjadi sejarah kelam Kristen yang hingga kini masih banyak disesali. Perang Salib adalah perang agama antara Kristen dan Islam. Dicetuskan pertama kali oleh Paus Urbanus II, Perang Salib I bertujuan merebut kembali kota suci Yerusalem dari kekuasaan Islam, yang merupakan tempat penting umat Kristen sebagai tujuan ziarah saat itu.
Sementara itu, bagian timur dari Kerajaan Romawi, bertahan sebagai Gereja yang disebut Yunani atau Ortodoks, yang mewartakan kabar gembira di Rusia dan memisahkan diri dari belahan barat yang berada di bawah pimpinan Gereja Roma. Pemisahan ini terjadi pada tahun 1054.
Sementara itu, pada tahun 1460 penemuan percetakan oleh Gutenberg membuat Kitab Suci terjangkau bagi semua orang. Sebelumnya, Kitab Suci dibatasi oleh Gereja kepada umat dengan tujuan untuk menekan bidaah yang merupakan salah satu krisis besar dalam tubuh Gereja saat itu. Kitab Suci hanya dibacakan di Gereja dan menjadi sumber kotbah.
Saat itu, banyak pihak-pihak tidak bertanggungjawab memanfaatkan kedudukan di dalam Gereja Barat (Katolik) sebagai sumber kekuasaan, sehingga secara tidak langsung mencoreng nama baik Gereja. Pejabat-pejabat tinggi di dalam Gereja semakin terpengaruh untuk mementingkan kepentingan duniawi sehingga semakin menyeleweng dari ajaran dasar Gereja Katolik. Banyak oknum yang menduduki posisi penting di dalam Gereja menggunakan kekuasaannya secara semena-mena sehingga merugikan banyak umat saat itu. Hal ini membuat banyak umat Kristen kecewa dan memprotes serta menuntut pembaharuan. Banyak umat yang berpikir bahwa salah satu cara mendatangkan pembaharuan di dalam Gereja ialah dengan memberikan Kitab Suci kepada semua orang.
Puncak dari penyalahgunaan ajaran Gereja diawali dengan jual beli surat indulgensia. Praktik ini sendiri sesungguhnya bertentangan dengan ajaran iman Gereja Katolik. Martin Luther, seorang rahib, memutuskan untuk melakukan pembaharuan dengan melakukan pemberontakan terhadap Gereja Katolik dan membangun gereja tandingan baru. Sedangkan Ignatius Loyola, pendiri ordo Jesuit dalam Gereja Katolik, berusaha melakukan pembaharuan dari dalam, salah satunya adalah dengan memberikan pendidikan teologi Kristen yang ketat kepada para klerus, terutama dalam kepatuhan penuh pada otoritas dan ajaran Gereja, agar praktek korup dalam Gereja berkurang dan tidak menjadi-jadi. Konsili Trente merupakan konsili yang diadakan sebagai reaksi dari reformasi Martin Luther, di mana reformasi Martin Luther dianggap oleh Gereja Katolik sebagai tindakan yang memperparah kondisi kekristenan. Dalam Konsili Trente-lah ajaran iman Gereja Katolik dipertegas (termasuk kanonisasi terakhir Alkitab Katolik) demi menekan dan mengurangi berbagai macam penyalahgunaan yang sewenang-wenang dalam tubuh Gereja.
Ketika Martin Luther menerjemahkan Kitab Suci menjadi bahasa Jerman, pengikut-pengikutnya mulai memiliki pandangan yang berbeda-beda akan Kitab Suci tersebut, lalu terjadilah pertentangan penafsiran antara umat satu dengan yang lain, salah satu kasusnya adalah pertentangan antara denominasi protestan reformed-nya Zwingli dan denominasi anabaptis, reformed-nya Calvinis dengan Arminian, dan masih banyak lagi. Inilah yang membuat agama Kristen Protestan sekarang banyak terbagi-bagi lagi menjadi denominasi-denominasi lagi.
